Der Zoo Zürich versteht sich als Naturschutzzentrum. Er engagiert sich in internationalen Zuchtprogrammen für bedrohte Tierarten (EEP, ESB) und setzt sich in sechs Schwerpunktregionen ausserhalb der Schweiz für den Schutz bedrohter Ökosysteme und deren Biodiversität ein. Der Zoo Zürich hält sich bei der Auswahl und der Durchführung der Naturschutzprojekte an die Grundsätze der Welt-Zoo- und Aquarium-Naturschutzstrategie des Weltverbandes der Zoos und Aquarien WAZA.